El Museo Casa Benito Juárez o casa del Benemérito de las Américas fue fundado en 1988, se encuentra situado en la calle Obrapía No. 116 e/ Mercaderes y Oficios, en el Centro Histórico de La Habana Vieja.
El Museo Casa Juan Gualberto Gómez se encuentra ubicado en la calle Empedrado número 359 entre Habana y Compostela en el corazón del Centro Histórico de La Habana Vieja. Está destinado a mostrar parte de la vida y obra del ilustre patriota revolucionario que vivió en esta casa a finales del siglo XIX.
El Museo de la Cerámica Contemporánea Cubana fue fundado en el año 1990 en el Castillo de la Real Fuerza, en el año 2005 fue trasladado para su sede actual, una elegante y majestuosa casa de la calle Mercaderes No. 27 esquina a Amargura en La Habana Vieja.
Se encuentra al otro lado de la Bahía de La Habana conformada por dos importantes fortificaciones el Castillo de los Tres Reyes del Morro y la Fortaleza de San Carlos de la Cabaña.
El Museo Farmacia Habanera ubicado en farmacia La Reunión sita en la calle Teniente Rey La Habana Vieja. historia de las farmacias y la ciencia farmacéutica
El Museo Napoleónico de La Habana imita un palacio renacentista florentino del siglo XVI, pinturas originales, un busto de mármol y objetos del Siglo XVIII.
El Museo de Arqueología de La Habana se encuentra situado en la edificación más antiguo del Centro Histórico sito en la calle Tacón No.12 entre O’Reilly y Empedrado. Fue fundado con el objetivo de divulgar y dar a conocer el patrimonio arqueológico de la ciudad. Aquí radica el Gabinete de Arqueología que se encarga de fomentar la investigación histórica y arqueológica.
El Museo Alejandro de Humbold de La Habana se encuentra situado en una casa colonial de la Habana Vieja. Es un museo científico dedicado a la biología y a la memoria del naturalista Alemán Alejandro de Humbold quien trabajó arduamente en la investigación de las especies de la flora y la fauna recorrió y catalogó buena parte del continente Americano y en especial a Cuba en la primera mitad del siglo XIX, en lo que constituye uno de los viajes científicos más importantes de la historia.
La Casa de África fue fundada en 1986. Muestra una amplia colección etnográfica del continente africano, más de dos mil piezas. Tallas, marfiles, máscaras, vestuaros
La Casa Museo Simón Bolívar fue fundada en 1993, se encuentra ubicado en una edificación de arquitectura neoclásica construida en 1817 sito en Mercaderes No. 156 entre Obra Pía y Lamparilla en La Habana Vieja. Su objetivo es divulgar la obra y el pensamiento del líder venezolano y la promoción de la cultura latinoamericana en su máximo esplendor.
El Museo de la Orfebrería exhibe una colección de piezas artísticas, joyas, relojes, ceniceros, piezas de numismática, bastones, armas y piezas religiosas.
El Museo Farmacia Taquechel sito en la calle Obispo No. 153 entre Mercaderes y San Ignacio en el corazón del Centro Histórico de La Habana Vieja, se fundó en el año 1996 posterior a la restauración por la Oficina del Historiador de la Ciudad, en este lugar ambientado con sus estantes, mostradores y piezas de la época se aprecia una botica o droguería representativa del siglo XIX.
El Museo Casa de Asia muestra vajillas Chinas y porcelanas de Cantón de los siglos XVIII y XIX. Tallas de marfil y piedra, trabajos de orfebrería y bronce.
El Museo Casa de la Obra Pía muestra piezas de artes decorativas de porcelanas, óleos, biscuit, cristalería, tapices, mármol, alabastro, calamina y bronce.